On pensait que le loup d'Abyssinie était le seul loup d'Afrique. Une nouvelle étude montre qu'il y en a un autre : le loup doré.

  Le loup africain doré, Canis anthus, (à gauche) et le chacal doré eurasien, C. aureus (à droite), ont été pensés pour être de la même espèce, anciennement connu comme le chacal doré. Une nouvelle analyse génétique a prouvé le contraire.

On le pensait chacal, il était loup. Selon une étude américaine publiée dans la revue Current Biology, le chacal doré d'Afrique, présent du Kenya à l'Afrique du Nord en passant par l'Égypte, est génétiquement plus proche du loup gris que du chacal doré d'Eurasie. 

Son pelage uniforme beige et sa taille plus petite avaient semé la confusion. Il a donc été rebaptisé Canis anthus, ou loup doré africain, pour le distinguer du chacal doré, Canis aureus.

Cette découverte donne un coup de pouce à la biodiversité de la famille des canidés, qui comprend les chiens, les loups, les renards et chacals (de 35 à 36 espèces vivantes). "Cela représente la première découverte d'une «nouvelle» espèce de canidé en Afrique en plus de 150 ans", a déclaré Klaus-Peter Koepfli, chercheur à l'Institut Smithsonian Conservation Biology, à Washington DC, dans un communiqué de presse.

 Répartition des espèces. Klaus-Peter Koepfli & John Pollinger et al / Current Biology 2,015

Deux études antérieures ont rapporté que chacals dorés trouvés en Afrique étaient plus étroitement liées aux loups gris que de les chacals dorés trouvés en Eurasie (doi: 10.1371 / journal.pone.0016385 & doi: 10.1371 / journal.pone.0042740). Ces études ont attisé la curiosité de Klaus Koepfli, qui fait partie de l'Institut Smithsonian Conservation Biology, pour enquêter de manière plus approfondie. "Ces études avaient seulement utilisé une sorte de marqueur génétique, des séquences du génome mitochondrial, qui ne sont hérités par la lignée maternelle", a expliqué le Dr Koepfli.

 Arbre phylogénétique (A) Basé sur l'Adn mitochondrial cytochrome b Séquences & échantillonnage localités (B) de Jackals d'or dans cette étude. Maximum de vraisemblance phylogramme de 104 cytochrome b séquences (1,140bp). Nœuds astérisques indiquent un soutien bootstrap ≥80% (1000 pseudorépétitions) et ≥0.95 probabilité a posteriori (de l'inférence bayésienne). Flèches: Canis spp. d'Egypte. Loup africain est Canis lupus lupaster. Outgroup: renard Sechuran, Lycalopex sechurae. Crédits photo: L, chacal doré du Sénégal (CIBIO / Raquel Godinho); C, le loup gris du Mexique (Tom & Pat Leeson); R, chacal doré d'Israël (Yaki Zander). Composite:. Klaus-Peter Koepfli & John Pollinger et al / Current Biology 2,015

Pour développer la preuve d'ADN dans la nouvelle étude, Wayne et  Koepfli ont récupéré des échantillons d'ADN de chacals dorés collectées il ya deux décennies au Kenya. Koepfli et Wayne ont également fait appel à des collègues des universités dans le monde entier - y compris de la Russie, la Chine, le Portugal, l'Afrique du Sud, la Finlande et Israël - qui leur ont fourni des échantillons de chacals dorés dans d'autres parties de l'Afrique et de l'Eurasie. 

L'équipe a ensuite effectué une autre analyse en utilisant un éventail plus complet de marqueurs moléculaires qui sont héritées des deux parents. Tous ces marqueurs d'ADN étaient composés de 20 fragments de chromosomes ou des gènes nucléaires, échantillonnées à partir de l'ensemble du génome. Ces marqueurs ont constamment montré que les chacals dorés sont séparés en deux clades bien pris en charge, comme on le voit dans cet arbre de temps, ou chronogramme.

 Chronogramme réalisé  à l'aide d'une horloge moléculaire. Analyse des 13,727bp séquence de 17 introns & 3 éléments contenant des exons. 4 pour le loup gris, chacal doré (Afrique) & chacal doré (Eurasie); 2 pour le coyote. Outgroups: le renard roux, Vulpes vulpes, et le renard gris, Urocyon cinereoargenteus. Temps (en bas): il ya des millions d'années (Ma), le temps (en haut): les époques. Crédits photo: haut, le loup gris du Mexique (Tom & Pat Leeson); Moyen, chacal doré du Sénégal (CIBIO / Raquel Godinho); en bas, chacal doré d'Israël (Yaki Zander). Composite:. Klaus-Peter Koepfli & John Pollinger et al / Current Biology 2,015

A l'issue des analyses, les comparaisons d'ADN ont raconté une histoire différente du passé évolutif de ces animaux. "A notre grande surprise, le petit, le chacal doré d'Afrique de l'Est était en fait une  variété d'une espèce nouvelle, distinctes du loup gris, qui a une distribution à travers du Nord et Afrique de l'Est", a déclaré Wayne. C'est ainsi que les deux scientifiques ont identifié la nouvelle espèce comme étant un loup doré africain...

  Mode de différenciation génétique et mélange de chacals d'Eurasie et d'Afrique et basée sur (a) des séquences sexuelles chromosomiques, (B) L'échelle du génome données SNP  , (C) mélange détectable (de flux de gènes) entre lignages et (D) microsatellites Multilocus génotypes. Illustration : Klaus-Peter Koepfli & John Pollinger et al / Current Biology 2015.

Koepfli et Wayne soupçonnent que les zoologistes aient confondu les chacals dorés africains et eurasiens en raison d'un degré élevé de similitude de leur crâne et la morphologie des dents. Toutefois, les données génétiques appuient l'idée que ce sont deux lignées distinctes qui ont évolué indépendamment depuis au moins un million d'années. En fait, la preuve suggère que ces deux lignées ne sont même pas étroitement liées. L'espèce africaine est plus étroitement liée à la lignée conduisant aux gris loups et les coyotes que les chacals.

Il semblerait que cette similitude morphologique soit due à une évolution parallèle, entraînée par le milieu écologique dans lequel ces animaux vivent, "en particulier en ce qui concerne la concurrence avec d'autres espèces de carnivores", a déclaré le Dr Koepfli.

Pour terminer, en raison de la répartition étendue des chacals dorés il est possible que l'on découvre d'autres "surprises". Déjà, le Dr Koepfli et son équipe recueillent des données génétiques préliminaires de certaines populations de chacals dorés Eurasie à travers l'Eurasie et ils envisagent de faire de même pour les chacals dorés africains. "Certaines des données que nous présentons dans la revue Current Biology suggère que la population kenyane est génétiquement distincte dans les deux marqueurs mitochondriaux et nucléaires", a déclaré le Dr Koepfli. "Cependant, nous avons besoin d'un échantillonnage géographique plus vaste visant à mieux comprendre la génétique de population et phylogéographie des deux lignées". Les chacals dorés n'ont qu'un lointain rapport avec les deux autres espèces de chacal africain, même si elles sont toutes placées dans le même genre.

En fait, les résultats phylogénétiques des séquences d'ADN nucléaires montre que "les chacals à dos noir et flancs rayés sont relativement plus près des  loups dorés et très éloignés de chacals dorés Eurasie et d'Afrique les plus proches", a déclaré le Dr Koepfli. Tous sont actuellement classés dans le genre Canis, mais cela doit être changé pour refléter la position distincte du clade qui comprend les chacals à dos noir et flancs rayés. Ceci est une chose sur laquelle nous sommes en train de travailler "

-----> NB : des erreurs de traduction sont possibles en raison de l'aspect technique des articles. En conséquence, j'invite les personnes intéressées à consulter les liens sources cités ci-dessous.

Sciences et avenir 11/9/2015 - Dailymail - Ucla-edu - The Guardian (article le plus complet et détaillé)